L’origine du nom Couffoulens vient du mot latin Confluentes signifiant: confluent. Cela s’explique par la localisation du village. Situé sur un promontoire rocheux confluent de l’Aude et du Lauquet. 

Le village se trouve aussi au carrefour de deux passages obligés : l’axe Nord-Sud, de Carcassonne  vers la vallée de l’Aude et l’axe Est-Ouest, des Corbières vers la Malepeyre. 

Des fouilles archéologiques ont permis d’établir que six siècles av J-C ce site défensif était déjà habité. Les archéologues supposent que l’habitat contemporain de la nécropole devait s’élever a l’emplacement de la localité actuelle de Couffoulens, mais a ce jour aucune vestige permette de situer l’emplacement exacte des premiers couffoulénois. 

Apres le règne de César en -50 av J-C et la guerre des Gaules, la région devient une province romaine. Du Ier au Ve siècle de notre ère, le pourtour méditerranéen fait parti de la « Gaule Narbonnaise ». Cette province est traversée par deux axes routiers : la Voie Domitienne (Via Domitia) de Narbonne vers l’Espagne et la Voie d’Aquitaine. 

Entre le Xe et le XIe siècle une cinquantaine de village de l’Aude sont construits selon une architecture assez curieuse : ce sont les villages ronds, bâtis autour de l’église ou du château.

La plupart de ces villages ronds se trouvent en dans le Razès (Bram, Alaigne, Cambieuse), mais Couffoulens en est un.